COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.603766
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.672874
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.805483
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 6.948617
2021-05-19 17:00:00 6.389102 6.389102 7.092224
2021-05-18 17:00:00 5.691421 5.691421 7.217049
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 7.468264

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 6.402265
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 6.364682
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 6.507422
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 6.478622
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.648566
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.622421
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.675744 6.531783

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 11.692308 8.616780 12.616186
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 13.024283
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.448035
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 13.764066
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 14.250510
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 14.431954
2021-05-17 17:00:00 11.805556 3.530633 14.757006

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 8.288455
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 8.200540
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 8.231300
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 8.355618
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 8.468911
2021-05-18 17:00:00 4.011887 8.469539 8.519494
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.337945 8.442954

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.549216
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.541921
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 6.720161
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 6.839895
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 6.942879
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.117265
2021-05-17 17:00:00 13.310745 5.266182 7.178531

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 14.446644
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 14.578136
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 14.913462
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.472522
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 15.777541
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 16.104339
2021-05-17 17:00:00 20.176991 20.176991 16.587316

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.808516
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.869092
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 2.890694
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.051591
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.157867
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.275274
2021-05-17 17:00:00 3.149606 2.911208 3.403657

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.316038
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.337757
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.398059
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.447173
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.500735
2021-05-18 17:00:00 2.560706 2.560706 3.560157
2021-05-17 17:00:00 6.158730 2.620825 3.635098

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 5.405405 5.405405 4.121547
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 4.149709
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 4.292519
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.368003
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.537651
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.691301
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.608029 4.728597

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.731242
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.823527
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 5.943308
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.121751
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.262885
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.354546
2021-05-17 17:00:00 7.513357 4.579065 6.341310

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 7.572762
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.519532
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.670575
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.751801
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.844473
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.838695
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.669353 7.979200

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.349233
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.370441
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.456470
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.543552
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.752582
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.816933
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.228571 1.832454

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 7.609176
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 7.970415
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.171506
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.053301
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 8.373436
2021-05-18 17:00:00 9.615385 6.561086 8.321217
2021-05-17 17:00:00 1.276596 24.468085 8.613229

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 5.078741
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 5.033936
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 5.089830
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 5.158408
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 5.304319
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.449025
2021-05-17 17:00:00 10.489510 5.160142 5.591997

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 7.504846 11.118804 7.969269
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.856530
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 7.944942
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 8.089273
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.346200
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 8.463716
2021-05-17 17:00:00 8.459338 3.646934 8.447219

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 23.702422 33.953287 19.583469
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 19.712037
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 20.026826
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 20.421527
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 20.562854
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 20.723537
2021-05-17 17:00:00 9.951956 9.951956 20.966979

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.227820
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.270413
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.408583
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.459546
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.585978
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.698804
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.106301 2.775710

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 5.026399 5.026399 5.716759
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 5.802549
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 5.915978
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.043246
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.181433
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 6.495712
2021-05-17 17:00:00 5.506446 3.940692 6.699141

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 5.566180
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.607630
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.676756
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.807506
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.891950
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 5.923253
2021-05-17 17:00:00 9.997383 5.192687 5.981261

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 7.027304
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 7.097585
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.321832
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 7.992294
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 8.202549
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 8.685880
2021-05-17 17:00:00 8.196721 2.314815 9.140202

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.743477
2021-05-22 17:00:00 12.444444 12.444444 9.470750
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 10.132709
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 10.551084
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 10.868544
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.056180 11.024056
2021-05-17 17:00:00 11.688312 5.341246 11.558818

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-23 17:00:00 7.319758 9.998185 9.590715
2021-05-22 17:00:00 5.958747 8.130646 9.644964
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 9.944462
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 10.065753
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.319464
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.568134
2021-05-17 17:00:00 10.176471 5.826878 10.717925

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.390977 6.390977 6.402265
Basilicata 11.692308 8.616780 12.616186
Calabria 6.490952 6.490952 8.288455
Campania 6.525353 6.525353 6.549216
Emilia-Romagna 13.230088 13.230088 14.446644
Friuli Venezia Giulia 2.211127 2.211127 2.808516
Lazio 3.967720 3.967720 3.316038
Liguria 5.405405 5.405405 4.121547
Lombardia 5.629008 5.629008 5.731242
Marche 5.664373 5.664373 7.572762
Molise 1.145038 1.145038 1.349233
P.A. Bolzano 8.536585 8.536585 7.609176
P.A. Trento 7.951070 7.951070 5.078741
Piemonte 7.504846 11.118804 7.969269
Puglia 23.702422 33.953287 19.583469
Sardegna 1.519757 1.519757 2.227820
Sicilia 5.026399 5.026399 5.716759
Toscana 5.994037 5.994037 5.566180
Umbria 6.451613 6.451613 7.027304
Valle d'Aosta 8.426966 8.426966 9.743477
Veneto 7.319758 9.998185 9.590715

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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